JD-GUI 这个工具可以查看 .class 文件， jar 包等等，还可以将反编译的文件保存下来，而且同时支持 Windows 和 Linux 平台（当然，还有 Mac ）。（你还在用 Windows 平台反编译 Java 文件？看看这样做有什么缺点）
ProGuard 这个工具是用来做代码混淆的。知己知彼，才能……对吧……
JBE 这个工具可以直接改 Java 字节码。一些小修小补，用它就行。
另:
Compiling, Executing, and Jar’ing Java Code
这个教程讲述了 Java 的编译、执行和打包等等问题，都是基础知识，很简单的。我觉得很好，这样耐心细致的教程并不多见。